E - чисто маяк. функции трекера в нём нет. не идёт в комплекте плата для присоединения к внешнему питанию
S - маяк + трекер + режим A-GPS для быстрого поиска спутников при т.н. холодном старте.
GL - маяк + трекер. возможность работы с двумя спутниковыми системами одновременно GPS и Глонасс. Но нет функции A-GPS.
а вообще - вот:
Сравнительная таблица АвтоФон-Маяков платформы 5.x (ссылка).
----------
Если что-то упустил - более точно ответят производители/разрабочики/модераторы.